长期温室种植导致了土壤盐渍化，从而对土壤碳(C)、氮(N)库和温室气体(GHG)排放等生态系统功能产生不利影响，但其潜在的微生物机制仍有待进一步认识。本研究在亚热带农业生态系统选取不同的长期温室种植大棚，分析了土壤总碳(TC)和总氮(TN)含量、可提取有机碳(EOC)和有机氮(EON)含量以及GHG排放量，并运用宏基因组和16S rRNA高通量测序分析了土壤微生物群落。结果表明，长期温室种植提高了土壤盐渍化，显著增加了土壤TC和TN含量、EOC和EON含量和氧化亚氮(N2O)排放潜势，却显著降低了土壤二氧化碳(CO2)排放潜势和甲烷(CH4)氧化潜势，而土壤微生物宏基因组的分析结果与相应的生态系统功能变化呈现一致的趋势。此外，长期温室种植显著改变了土壤微生物结构，我们将土壤微生物群落进一步划分为稀有、丰富微生物亚群，结果发现：与丰富微生物类群相比，稀有微生物类群更能充分解释生态系统功能变化。这些研究结果是首次在农业生态系统温室种植背景下，以微生物共现性网络分析为基础，量化微生物亚群落对生态系统功能的重要性；表明稀有微生物类群可作为亚热带农业生态系统功能变化的指标，这将有助于我们更好地开展农业管理以提高农业生态系统的作物产量。
